Proteinatlas数据库修炼手册
Proteinatlas数据库修炼手册
生物学知识体系庞大且复杂，蛋白质种类成千上万，文献浩如烟海，很难找到合适的参考文献。
当boss下达任务，要求研究xx蛋白时，我们的第一反应：
这个蛋白是个什么玩意儿？
会在什么细胞中表达？
表达在什么部位？
有没有可参考的免疫组化或蛋白印迹阳性对照？
所谓磨刀不误砍柴工，这些基本信息都是需要提前获知的。然而，面对茫茫文献，我们往往无从下手。
别急，下面我来介绍一款蛋白质数据库神器，助您“实”半功倍！
这个数据库就是Human Protein Atlas
传送门：https://www.proteinatlas.org/
Human Protein Atlas（HPA）提供了两万多种人类蛋白质的组织和细胞分布信息。在数据库中，研究人员通过免疫检测技术（免疫印迹、免疫荧光和免疫组化），检测了每一种蛋白在不同细胞系、正常组织和肿瘤组织中的表达情况。
HPA数据库可以分为Subcellular、Tissue和Pathology三个版块，分别展示了蛋白在细胞、正常组织和肿瘤组织中的表达情况。我就以肿瘤常见的标记物p53为例，向大家简单介绍HPA数据库的使用。
打开传送门：https://www.proteinatlas.org/
在搜索框中输入p53，点击search。
第一栏就是我们查询的目标蛋白p53，我们分别以Subcellular、Tissue和Pathology三个版块介绍使用方法。
板块一：Subcellular
点击图中绿色的Subcellular进入。此版块共分7个部分，即SUBCELLULAR、RNA EXPRESSION、HUMAN CELLS、SINGLE CELL VARIATION、siRNA、GENE/PROTEIN和ANTIBODIES AND VALIDATION，详细介绍了p53的相关信息。
1. SUBCELLULAR
这一栏列出了p53的基本情况：基因名（TP53）、蛋白性质、表达位置、转录子数量等。细胞结构图展示了p53蛋白在细胞内的分布，表达处显示为绿色。
2. RNA EXPRESSION
这一栏介绍了p53在69种不同细胞系中的RNA表达情况。这些RNA表达情况按照Organ、Origin、Category、Expression和Alphabetical等方法进行分类。比如在Organ分类下，p53在REH细胞（人急性非B非T淋巴细胞性白血病细胞）中RNA表达水平最高。
3. HUMAN CELLS
这一栏具体显示了p53在细胞中的空间分布。使用免疫荧光的方法分别检测p53在A-431、U-2 OS和U-251 MG细胞中的分布情况。
并且还提供了多种抗体在不同细胞中的染色结果：
点击HPA051244抗体在A-431细胞中的荧光表达图，
可以清晰显示p53在细胞中的分布。通过选择不同
的通道（如Target protein、Nucleus、Microtubules、ER）为参照，精确定位p53在细胞内的空间分布。
4. SINGLE CELL VARIATION
这一栏主要介绍了单细胞变异的情况，通过间接免疫荧光实验检测U-2 OS细胞的RNA表达和蛋白表达揭示了蛋白质表达的变化与细胞周期相关，而转录本变异与细胞周期无关。
5. siRNA
这一栏展示了使用siRNA介导的基因表达下调后，再通过免疫荧光确定细胞的定位。亦可以通过选择不同的通道（如Target protein、Nucleus、Microtubules、ER）为参照，精确定位p53在细胞内的空间分布。
6. GENE/PROTEIN
这一栏主要介绍了p53的基本信息，与第一栏SUBCELLULAR信息基本一致。此外还提供了一些有用的链接，如Uniprot（https://www.uniprot.org/）可以快速查询p53的其它关键信息：氨基酸序列、长度、蛋白功能和二、三级结构等。
7. ANTIBODIES AND VALIDATION
这一栏展示的信息与HUMAN CELLS差不多，主要介绍了用于验证p53表达的抗体信息。可以获知抗体信息、免疫细胞结果、免疫组化结果、WB结果、蛋白序列、相关文献、抗原信息等。
注：部分抗体可能已经下架，目录号仅供参考
总结
“Subcellular”版块主要提供了细胞的蛋白表达情况，其中比较关键的信息是蛋白在不同细胞、以及同一细胞内的空间分布情况，这些数据以免疫检测实验结果展示，为后续实验参考提供了极大的便利。
关于Subcellular的介绍先到这里，后续将会为大家带来蛋白在Tissue和Pathology中的表达情况查询。
欲知下文详解，请关注我们哦！
