Proteinatlas数据库修炼手册(下部)

上回给大家介绍了HPA数据库“Subcellular”板块的使用,这次继续给大家介绍怎么查询蛋白在“Tissue”和“Pathology”中的表达情况。


版块二:Tissue

“Tissue”分为五个栏目,其中GENE/PROTEIN和ANTIBODIES AND VALIDATION栏目与“Subcellular”版块的内容一样。这次主要介绍TISSUE、PRIMARY DATA和TISSUES。

01

TISSUE

在TISSUE栏目中,RNA AND PROTEIN EXPRESSION SUMMARY显示了p53基因在不同组织中的表达情况。左边显示的是RNA表达水平,右边是Protein表达水平。条带越长表明相对表达水平越高,可以看出p53蛋白在多数组织中都是没有表达的。
图的右侧以免疫组化的形式,展示了p53在不同组织中的表达情况。以脑组织的Cerebral cortext为例,点击Cerebral cortext,可以看到免疫组化高清大图(如下)。图的左侧还详细列出了Cerebral cortext来源样品的信息,比如编号、性别、年龄和健康状态等;同时以不同细胞类别,分别显示了p53在内皮细胞、胶质细胞、神经元细胞等细胞中的表达情况。

PROTEIN EXPRESSION OVERVIEW和RNA EXPRESSION OVERVIEW栏目将RNA AND PROTEIN EXPRESSION SUMMARY栏目的信息进行了细化,按Organ,Expression和Alphabetical分类展示了p53的PROTEIN/RNA在不同组织中的表达情况。

02

PRIMARY DATA

PRIMARY DATA栏目按Organ、Cell type和Alphabetical分类,展示了经不同抗体检测的p53在组织和细胞中的表达情况。如在Organ分类下,我们可以看到口腔粘膜(oral mucosa)用不同的p53抗体(CAB002973、CAB039238、CAB039239和CAB072876)行免疫组化实验,得出的表达量结果。n:无表达、l:低表达、m:中表达、h:高表达。

03

TISSUES

TISSUES栏目主要展示了p53在58种不同组织中的表达量与抗体检测结果,相较于PRIMARY DATA栏目,可以了解到更多我们感兴趣的组织样本信息。

以“SKIN”为例,使用p53抗体(CAB002973、CAB039238、CAB039239和CAB072876)在Langerhans(朗格汉斯细胞)、Fibroblasts(成纤维细胞)、Keratinocytes(角质细胞)和Melanocytes(黑色素细胞)四种不同细胞的免疫组化实验得到的结果。

注:部分抗体已下架,结果仅供参考

版块三:Pathology


这一版块是HPA数据库的一大特色,它展示了p53蛋白在20种不同肿瘤组织中的表达情况。其中PROGNOSTIC SUMMARY栏目介绍了p53表达在哪些肿瘤中作为预后有利因素或不利因素。由下图可知,p53表达是子宫内膜癌有利的预后标志物,是前列腺癌不利的预后标志物。

RNA EXPRESSION OVERVIEW介绍了p53在不同肿瘤组织中的RNA表达情况。

PROTEIN EXPRESSION栏目可视化展示了p53基因在不同癌症组织中的蛋白表达情况,点击免疫组化图片可高清显示。

PROTEIN EXPRESSION SUMMARY栏目按Organ、 Expression和Alphabetical分类,展示了p53在不同肿瘤组织中的表达情况,数据以高表达和中表达人数占总人数的百分比表示。如在Expression分类下,HPA005856抗体检测结果显示,所有(100%)被检测的甲状腺瘤组织均高/中度表达p53。

结语

HAP数据库功能就介绍到这里了。该数据库目前一直在更新,而且小鼠的蛋白质数据库也正在构建中,相信不久的将来可以发布。






创建时间:2022-10-28 16:12