Proteinatlas数据库修炼手册(下部)
上回给大家介绍了HPA数据库“Subcellular”板块的使用,这次继续给大家介绍怎么查询蛋白在“Tissue”和“Pathology”中的表达情况。
版块二:Tissue
01
TISSUE
PROTEIN EXPRESSION OVERVIEW和RNA EXPRESSION OVERVIEW栏目将RNA AND PROTEIN EXPRESSION SUMMARY栏目的信息进行了细化,按Organ,Expression和Alphabetical分类展示了p53的PROTEIN/RNA在不同组织中的表达情况。
02
PRIMARY DATA
03
TISSUES
以“SKIN”为例,使用p53抗体(CAB002973、CAB039238、CAB039239和CAB072876)在Langerhans(朗格汉斯细胞)、Fibroblasts(成纤维细胞)、Keratinocytes(角质细胞)和Melanocytes(黑色素细胞)四种不同细胞的免疫组化实验得到的结果。
版块三:Pathology
这一版块是HPA数据库的一大特色,它展示了p53蛋白在20种不同肿瘤组织中的表达情况。其中PROGNOSTIC SUMMARY栏目介绍了p53表达在哪些肿瘤中作为预后有利因素或不利因素。由下图可知,p53表达是子宫内膜癌有利的预后标志物,是前列腺癌不利的预后标志物。
RNA EXPRESSION OVERVIEW介绍了p53在不同肿瘤组织中的RNA表达情况。
PROTEIN EXPRESSION栏目可视化展示了p53基因在不同癌症组织中的蛋白表达情况,点击免疫组化图片可高清显示。
PROTEIN EXPRESSION SUMMARY栏目按Organ、 Expression和Alphabetical分类,展示了p53在不同肿瘤组织中的表达情况,数据以高表达和中表达人数占总人数的百分比表示。如在Expression分类下,HPA005856抗体检测结果显示,所有(100%)被检测的甲状腺瘤组织均高/中度表达p53。
结语
HAP数据库功能就介绍到这里了。该数据库目前一直在更新,而且小鼠的蛋白质数据库也正在构建中,相信不久的将来可以发布。