用一个蛋白敲开Uniprot的大门(文末奉上视频详解!)

在蛋白质组学研究中,通过对细胞、组织或器官的蛋白质分析与鉴定来明确蛋白质在不同物种中发挥的功能以及蛋白质间的相互作用关系。而仅仅知道一个蛋白的名称是远远不够的,如何才能知道这个蛋白质存在于什么物种或细胞中、作用是什么、结构是什么、以及与它有相互作用的蛋白质是哪些?

今天就让我们用一个蛋白敲开Uniprot的大门,通过Uniprot数据库来剖析一个蛋白吧!

老规矩,还是以蛋白p53为例,通过Uniprot数据库(https://www.uniprot.org/)查询该蛋白的具体信息

具体步骤如下:




在搜索框内输入蛋白名,点击Search得出的界面如下:


可以选择p53蛋白在您感兴趣的物种中的表达情况:


研究目的不同注重的内容也就不同,下面我们重点介绍以下几个部分:

1.Function部分描述该蛋白在物种内发挥的功能、活性位点、注释和关键词等信息。这一部分可以帮助我们了解p53蛋白相关的生物学知识。

2.Names & Taxonomy部分提供蛋白名、基因名、NCBI物种分类编码及分类谱系以及该蛋白在其他数据库的ID。

3.Subcellular Location可了解该蛋白的亚细胞定位,附带亚细胞结构图,注释该蛋白存在的位置以及GO注释信息。这个蛋白定位信息对于免疫荧光实验具有很好的参考意义。

4.提供与该蛋白质相关的疾病和表型信息,包括与遗传变异相关的疾病信息、发生变异的位点等。

5.PTM / Processing这部分内容针对蛋白的氨基酸序列,分析翻译后修饰特征。展现在不同位点的转录后修饰及加工信息,提供了信号肽、二硫键、磷酸化位点等信息。

6.Expression提供了p53在多细胞生物的细胞或组织中基因在mRNA或蛋白质水平上表达的信息。

7.Interaction提供有关蛋白质四级结构以及与其他蛋白质或蛋白质复合物相互作用的信息,其中详细描述该蛋白与其他蛋白如何发生作用?在这一部分可关注String数据库提供的数据,可用作蛋白互作网络分析。

8.Sequence & Isoforms显示标准蛋白质序列,并根据请求显示条目中描述的所有同种型。它还包括与序列相关的信息,包括长度和分子量。尤其是Isoforms信息,解释了WB实验中出现多条带的问题。

9.Similar Proteins提供了与p53蛋白序列相似的蛋白质链接,这些蛋白质具有不同水平的序列同一性阈值(100%、90%和50%),具体信息来源于UniProt参考簇(UniRef)。


除了上述内容之外,另外还有个工具“Align”也很实用哦。

通过Align,可以对不同物种的p53蛋白序列进行同源性比对。比如想要看看人的p53蛋白序列与猪的p53蛋白序列同源性比例,可以按照如下步骤操作。


关于蛋白数据库的使用方法,小福为您准备了视频详解

请点击底部 “阅读原文” 获取哦!


评论区留言您想了解的数据库,小福将在之后为您带来全面的解析

期待您的关注与互动!!!






点击下方“阅读原文”,获取视频资源吧!
↓↓↓
创建时间:2022-10-28 16:13