干货开讲 | 如何利用NCBI数据库查找目的基因?

今天给大家讲讲如何利用NCBI数据库查找目的基因。NCBI(National Center For Biotechnology Information)——美国国家生物技术信息中心,分子生物学,生物化学及遗传学领域常用数据库。




下面就以查找人的TP53基因为例

教你如何利用NCBI数据库寻找目的基因:





首先,打开NCBI主页,选择需要查询的数据库,以查询基因序列为例,选择“Gene”,并在搜索框内输入查询内容,此处以“TP53”为例,点击Search。若是您感兴趣的是TP53蛋白相关的信息,可以选择“Protein”;


Search后出现所有已经Report的所有TP53序列,以及TP53的基因名称、种属、ID号等信息,以人的TP53基因为例,点击查看相关信息;


下方打开的对话框为人的TP53的基因信息,包含基因序列和氨基酸序列,基因在染色体上的位置,基因在生物体中的表达情况等信息。


1.TP53基因的基础信息:


2.TP53基因在染色体上的位置:


3.TP53基因在各组织中的表达情况:


4.TP53基因相关文献的引用情况:


5.TP53基因的基因组序列、mRNA序列、蛋白质序列信息:


其中1、2、3等分别代表的是TP53基因的不同转录本,上图列举的即是最常见的转录本,mRNA一般重点关注NM开头的,非编码RNA一般会以NR开头,XM为生物信息预测的转录本信息。


下面就是如何找到目的基因序列


一般每个基因的转录本1是研究最多的,可以从转录本编号后边的“.几”来判断该转录本更新的次数,更新的次数越多代表该转录本研究的越多,被研究的时间也越早


可以看到该转录本的序列编号、序列长度、参考文献等信息


还可以查到序列长度、外显子、编码区、氨基酸序列等信息:


可以直接点击左侧的超链接“CDS”,直接跳转到对应序列位置,深色显示CDS位置


还可以直接从序列右上角,进行便捷的序列blast和引物设计。



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创建时间:2022-10-28 16:15