干货开讲 | 几种RNA和蛋白互作检测的实验技术

本期内容将为大家介绍

几种RNA和蛋白互作的检测技术

RIP技术（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA结合蛋白免疫沉淀），是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术。

简而言之，RIP是在已知蛋白的情况下，利用目标蛋白的抗体，把蛋白和RNA复合物一起沉淀下来，然后经过分离纯化获得结合在复合物上的RNA，最后通过定量RT-PCR或高通量测序（RIP-Seq）方法来鉴定，这里的RNA可以是mRNA，也可以是非编码RNA，如circRNA，lncRNA，miRNA等。

RNA pull-down是检测RNA结合蛋白与其靶RNA之间相互作用的主要实验手段之一。RNA pull-down使用体外转录法标记生物素RNA探针，然后与胞浆蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链亲和素标记的磁珠结合，从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后，通过Western Blot实验检测特定的RNA结合蛋白是否与RNA相互作用。

简而言之，就是已知RNA，去获得未知的RNA结合蛋白的过程。

Clip(crosslinking-immunprecipitation)染色质免疫沉淀，是一项体内研究RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。

其主要原理是基于RNA与其相应的RNA结合蛋白会在紫外照射下会发生共价结合，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白复合物沉淀之后，回收其中的RNA片段，进行qRT-PCR检测或测序分析。

如果待检测的细胞或组织切片上的靶核酸与所用的核酸探针是同源互补的，二者经变性-退火-复性，即可形成靶核酸与核酸探针的杂交体。

将核酸探针的某一种核苷酸标记上报告分子如生物素或直接标记荧光素，可利用该报告分子与荧光素标记的特异亲和素之间的免疫化学反应或直接经荧光检测体系在镜下对待测核酸(mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA)进行定性、半定量或相对定位分析的一种实验方法。

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